شبیه‌سازی دینامیک مولکولی ابزاری قدرتمند است که بر اساس قوانین فیزیک، «تحول وابسته به زمان» یک سیستم حاوی اجزا در تماس را پیش‌بینی می‌کند. برخلاف تصاویر ثابت کریستالوگرافی، MD به ما نشان می‌دهد که مولکول‌ها چگونه در طول زمان حرکت می‌کنند و تغییر شکل می‌دهند.

بسیاری از پدیده‌های حیاتی زیستی فرآیندهایی «پویا» (دینامیک) هستند، نه ایستا. در نظر گرفتن «انعطاف‌پذیری» ساختارهایی مانند پروتئین‌ها برای درک عملکرد آن‌ها ضروری است و MD دقیقاً همین امکان را فراهم می‌کند.

در بخش بررسی برهمکنش لیگاند و دارو، ما موارد زیر را آنالیز می‌کنیم:

• آنالیز دقیق اتصال پروتئین-لیگاند.

• بررسی پایداری دارو در جایگاه فعال.

• مطالعه نفوذپذیری و برهمکنش دارو با لیپید.

بله. یکی از خدمات اصلی ما «آنالیز اثرات جهش» است. ما تغییرات ایجاد شده در ساختار و عملکرد ماکرومولکول‌ها را پس از اعمال جهش‌های نقطه‌ای یا چندگانه بررسی می‌کنیم.

در بخش «مطالعه رفتار ساختاری»، تغییرات پارامترهای مهمی مانند RMSD، RMSF و شعاع ژیراسیون (Radius of Gyration) در طول زمان آنالیز می‌شوند. همچنین فرآیندهای تاخوردگی (Folding) و باز شدن (Unfolding) پروتئین‌ها قابل بررسی است.

 بله، ما طیف کاملی از برهمکنش‌های ماکرومولکولی را پوشش می‌دهیم، از جمله:

• شبیه‌سازی کمپلکس‌های پروتئین-پروتئین.

• بررسی برهمکنش پروتئین با اسیدهای نوکلئیک (DNA/RNA).

• مطالعه تعامل پروتئین‌ها با غشاهای لیپیدی.

این روش (Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area) یک تکنیک محاسباتی است که برای اندازه‌گیری انرژی آزاد اتصال بین دو مولکول (مثلاً دارو و پروتئین) بروی نتایج شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD) استفاده می‌شود. کاربرد اصلی آن، اعتبارسنجی و دقیق‌تر کردن نتایج داکینگ مولکولی است.

 این آنالیز برای شناسایی «نقاط داغ» (Hot Spots) یا آمینواسیدهای کلیدی در اتصال حیاتی است. با استفاده از Per-Residue Decomposition، ما انرژی اتصال کل را تجزیه می‌کنیم تا مشخص شود دقیقاً کدام آمینواسیدها بیشترین سهم را در نگه داشتن دارو در جایگاه فعال دارند. این اطلاعات برای مهندسی پروتئین و بهینه‌سازی ساختار دارو (Lead Optimization) بسیار ارزشمند است.

بله. یکی از خدمات اصلی آزمایشگاه پارس سیلیکو، انجام پروژه‌های دینامیک مولکولی و محاسبه انرژی اتصال با روش‌های MMPBSA و انالیز Per-Residue Decomposition است.